此番日軍聲勢驚人，朝鮮眾將見城外日軍已將晉州圍得水泄不通，再次緊急集合商議軍情。慶尚道右兵使崔慶會面色憂慮地道：「倭寇此來兵力驚人，即便我等血戰到底，晉州也未必能保。眼下已經引灌南江加寬護城河，當可頂得一時。
軍械糧草方面我們也已竭盡全力，但即便如此仍憂不足，何況數萬百姓每日也需照料供應。明日倭寇攻城之後，諸位各居本位，戰法只能隨機應變。」
倡義使金千隘問道：「現今大家都是同仇敵愾，數萬百姓也可化身義兵，如此比較卻也不差他多少。晉州能守一次，就能守第二次，實在不行也無非以身殉國，與倭寇戰至最後一刻罷了。只是倭寇畢竟太多，且又久歷大戰……不知明軍和朝廷是否會來救援？」
金海府使李宗仁答道：「據我所知，朝廷還都王京不久，各道剩餘兵力至今統計不全，除守衛王京的軍隊外，現在身在晉州的恐怕就只有我們了。
哦對了，還有權栗和李穦還在南原一帶，不過他二位兵敗方退，一時間應無法支援。而且聽聞朝廷中不少將領都認為晉州此次必將失陷而反對救援。柳成龍都體察使已經去向明軍求救，卻不知明軍此次是否還會來？」
朝鮮朝廷和大明援軍之間的關係現在十分微妙，這一點他們作為一線將領當然都是清楚的。總體上來說就是朝鮮始終希望保持獨立性，但明軍方面卻一直認為朝鮮不具備獨立作戰的能力，要求朝鮮軍一方面必須服從明軍指揮，另一方面還不能老給明軍找麻煩。
這種局面就好比明軍認為自己是下棋的棋手，而朝鮮只能作為棋子，決不允許朝鮮如之前一樣明明身為棋子，卻反而想方設法拉明軍去打他們認為當時不該打的仗。
朝鮮當然不能認可這種局面，覺得自己被明軍視為拖油瓶甚至炮灰，自尊心受到嚴重打擊，於是雙方鬧僵，變得各干各的，失去了「聯軍」應有的和諧。
本來從雙方的宗藩關係而言，明軍理論上自然應該行使指揮權。可是單從雙方兵力而言，明軍只出動了五萬左右，而朝鮮雖然連吃敗仗，正規官軍仍然有十萬左右，兩倍於明軍。至於朝鮮的各種義軍、僧兵之類一旦也加入計數，那麼這個數量差就更大了。
拳頭大小就是聲音大小，雖然到目前為止聯軍的勝利絕大部分是數量更少的明軍取得，但基於以上總兵力緣故，明軍也很難強壓朝鮮各方的呼聲，於是這種指揮權的僵持一時間就看不到打破的希望，這才有了他這句「卻不知明軍此次是否還會來」。
忠清道兵使黃進對此提議：「倭寇已兵臨城下，援軍能來最好，若是不能來，那也只能依靠我們自己，但對軍中及百姓還是需告知援軍將至，以免之後士氣懈怠。
我以為只要晉州城牆尚在，晉州便絕不會失陷。只要撐過幾日，援軍應該還是會趕來的。對了，守城之時要多注意身着奇特盔甲者，因為倭軍將領盔甲各異，並非制式。若能每次對倭軍將來予以擊殺，必能有效逼退倭寇而減少我軍傷亡。」
義兵首領高從厚起身立誓道：「我父兄死於倭軍之手，我今領義兵也是決意為父兄報仇，倭將小早川隆景不知是否就在城外，我立誓每日至少必射殺一將，總能將其揪出。我所領義兵也都是父兄舊部，此次共守晉州，我軍必將寸步不退，不死不休。」
隨着他這一方，眾將也都起身起誓，紛紛表示死守晉州。
圍城次日，日軍首批部隊攻城開始展開。此時朝鮮早已引南江之水灌入護城河中，這護城河寬約丈余，日軍難以輕進。宇喜多秀家下令日軍開掘堤壩，引走江水。
隨後日軍用土塊、草垛填平護城河，頂着竹盾向晉州城牆逼近，朝軍弓弩幾乎毫無效用。日軍在竹盾掩護之下於城角挖掘地道。
可惜日軍挖掘地道的手法有些低劣，正挖着挖着，牆角忽然塌陷，壓垮了地道，反而自行損失了部分士兵。朝鮮方面也沒幹看着，李宗仁下令朝軍趁機潑下熱油，並同時以火矢助燃，一時間城外火勢大作，日軍不得已只好退卻。
片刻之後，日軍第二批次開始強攻登城，朝軍仍然拼死抵抗。兩軍之間就如此拉鋸了整整三天，日軍攻城已不下十次，朝鮮軍身心俱疲。金千隘率一隊朝鮮軍日夜準備軍糧，逐個遞送，鼓舞士氣，此時城外早已死屍遍地，日軍居多，朝鮮軍也有不少。
面對這種僵持局面，黑田長政獻計道：「或可於城東修築多處高壘，居高臨下突入城中，避開蟻附攀城之血戰，減少我軍傷亡。」
石田三成對這個計劃頗為懷疑，認為朝鮮軍方面雖然在火繩槍上處於劣勢，但卻擁有一些中小型火炮，以及部分疑似由明軍提供的其他火器，如一窩蜂、震天雷等，在這些遠程火器面前堆建高壘能成功嗎？
黑田長政的回答也很光棍，他說道：「無論成與不成，眼下如此血戰也非上策，我這建議只是為了儘量減免我軍傷亡，倘若此計不成，那就再另做謀劃便是。而且，加藤清正的傑作龜甲車即將完善，如若兩日之內我軍仍不能攻破晉州，便只好請加藤將此車投入作戰了。」
說了半天，原來是沒辦法下的辦法，不說是病急亂投醫吧，至少也是隨便試試看了。宇喜多秀家聽了也覺得與其毫無應對，倒真不如試一試效果，也就表示了同意。
於是到了第五日，日軍開始於城東築高壘，準備乘高躍入城中，朝鮮軍民果然也爭鋒相對，自己同樣築壘不說，還不斷以火炮轟擊日軍壘頂。
日軍火繩槍列陣野戰雖然佔優，但在這種時候硬拼射程卻不如朝鮮軍手裏的火炮，挨了幾頓亂轟之後承受不住了，最後只得放棄。
到了第六日，晉州城內箭、石都即將耗盡，金千隘、崔慶會、高從厚、李宗仁、黃進等人引領軍民持續與日軍撕殺，兩軍激戰直至次日天明。
第七日，加藤清正下令所部日軍將十輛新造好的龜甲車投入戰鬥，這龜甲車其實是受朝鮮龜甲船啟發而造，加藤清正在攻城衝車上加蓋數層厚板，整體強度堅固耐用，構造也算精巧，打磨更是精細，可檔落石弓弩能用於衝擊城門、城牆，日軍也能藉此助力登城，只是這東西太大了，行動起來笨拙緩慢。
崔慶會見此龜甲車雖然巨大，但卻全為木質建造，二話不說便下令向龜甲車澆灌火油，然後射出火箭引燃，很快的時間之內便焚毀數輛。
加藤清正大吃一驚，急令將全部龜甲車撤回，然後乖乖模仿起中國歷代攻城車的做法，在龜甲車外包上牛皮以防火燒，同時再次加緊趕造，運至各隊。
於是又到了第八天，日軍再度投入數十輛覆蓋了厚厚牛皮的龜甲車，大批日軍在其後，從各面再次發動攻城。朝鮮將領忠清道兵使黃進遭日軍鐵炮射中陣亡，伊達政宗率部登城。
這伊達部初來朝鮮，正想展示武勇，果然悍勇異常，幾次登上城樓。伊達政宗本人盔甲鮮亮，與身邊親兵一起斬首眾多，頓時成為朝鮮軍的集火目標，日軍為免伊達政宗有失，趕緊紛紛上前掩護其撤退。
金千隘聞黃進陣亡，便強迫晉州府使徐禮元督陣，徐禮元登城後，一見日軍彈丸密集四射，頓時嚇得魂不附體，狼狽逃竄下城，然後不知所蹤。
忠清道副將張潤氣得大罵，主動上前接替督陣，可惜兩個時辰後戰死於城樓。而此時日軍已有數支又登上晉州城，李宗仁、崔慶會再度號召百姓於城樓反擊。好在此時天降大雨，朝鮮弓弩及日本火繩槍雙雙受潮，只能暫時罷兵。
戰局至此看似再次陷入僵持，但其實晉州城牆在龜甲車兩日來不斷衝擊之下，部分牆體已開始鬆動，再經過大雨沖刷，幾處牆體已有崩塌之勢。
第九日天一亮日軍便再度攻城，加藤軍首先攻破晉州一角，加藤部下武士及伊達政宗率先從此缺口突入城中，大隊日軍蜂擁入城，晉州軍民被迫轉入巷戰，迎來的自然是無盡屠殺。
金千隘攜子金象乾和崔慶會、高從厚等人退至石樓，眼見大勢已去，金千隘慷慨道：「能與諸位在此合力一戰，保衛家國，此生無憾！然事已至此，恐再無回天之力，此處便是我輩葬身之地了。」
高從厚深覺悲憤，感慨言道：「我自感無能，深恨未能親自斬下小早川隆景首級告慰父兄在天之靈。父兄之言言猶在耳，我高氏一門絕無貪生怕死之輩，好在苦戰至今斬倭寇無數，想來也無愧列祖列宗，更未給義軍丟臉。即便今日再無回天之力，我等身軀也絕不能落在倭寇手中，受死後羞辱！」
崔慶會亦感慨萬千，道：「諸位忠心豪情令我感佩，如倡義使所言，此次得以一同並肩作戰，雖死無憾。今日雖逢絕境，亦有與諸位義結金蘭之願！今日得以同死，來世再結伴殺敵報國！不知諸位意下如何？」
眾人皆深受感動，想一飲訣別酒，卻不料侍者卻早已逃遁。眼見日軍已追至樓下，崔慶會引領眾人朝北跪拜，臨死前結為兄弟，齊跳南江殉國。
金海府使李宗仁勇力超群，率部轉戰四門，漸遭圍攻被逼至南江。李宗仁見死不可免，便突然襲擊，將兩名日兵夾在肋下，大喊道：「金海府使李宗仁死於此！」然後攜裹日兵轉身跳入南江。
另一將領金俊民縱馬巷戰，往來衝殺，終因寡不敵眾被火繩槍射落馬下，遭亂刀砍死。城牆已破，晉州軍民難敵日軍進攻，死於鐵炮和刀下者不計其數，其餘百姓為避屠刀，也只能選擇葬身南江。
日軍屠城半日，焚燒民宅，推平城牆，掩井伐木，晉州成一片廢墟。而後日軍當夜徹夜狂歡，再作休整後便分批開進全羅道各處，朝鮮各軍沒了晉州堅城，自然難以阻擋。
晉州淪陷後，宋應昌下令戚金急進兵陝川、吳惟忠進兵草溪佈防。而日軍軍師黑田官兵衛也於釜山收到了來自豐臣秀吉的命令，調其回國問罪。
黑田官兵衛返回日本後連番請罪，並於七月剃髮出家，號如水圓清，此是後話，暫且不提。
作為曾經獲得大捷的堅城，晉州失陷的消息震動朝鮮，更多人意識到在沒有明軍直接參戰的情況下，僅憑朝鮮軍和義軍等對抗日軍着實千難萬難。
況且，由於明軍不再接濟朝鮮，朝鮮軍的物資情況也越發困窘，且不說火器補充，便只是斷了朝鮮軍的火藥補充，朝鮮軍的戰鬥力就要大幅降低。而更根本、更重要的則是軍糧方面開始出現短缺。
考慮到朝鮮農業生產主要依賴漢江平原，而漢江平原目前要麼處於日軍掌控之下，要麼雖然已經被光復卻因為戰事耽誤了春耕，今年下半年的糧食缺口將會急劇擴大，到時候會發生什麼樣的人間慘劇，那是誰也不敢假設的。由此，整個朝鮮朝廷都開始陷入恐慌之中。
而就在此時，京華商社忽然找上門去，通過金貴人之弟金公諒得到了面見李昖的機會。京華商社向李昖提出了一項解決方案，簡單來說就是朝鮮授予京華在朝鮮幾處地方開挖礦產，同時設立礦廠、鐵廠之權力，而京華商社以兩年為限，提供給朝鮮大量糧食用於交換。
該協議並非要求永久開礦權，而是「九十九年礦產開採權」。李昖一聽，頓時非常動心。
如果說京華要求的開礦權是永久的，那李昖就會有出賣祖宗基業的道德壓力，但現在京華只要求九十九年，那就顯然談不上出賣，只是一筆合理的交易。值此國難當頭，能換來糧食給朝鮮救急，這生意無論朝野都不能說他什麼不是，於是雙方開始就具體的礦區位置等事宜進行緊急磋商。
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